После того, как Земля была уничтожена инопланетной расой, известной как Гауна, человечество бежало через галактику на гигантских кораблях-семенах в поисках нового дома. В 3394 году из недр корабля "Сидония" всплыл таинственный человек по имени Нагате Таникадзе, который в поисках еды ломает уединение на всю жизнь. После обнаружения его затягивают в армию как раз вовремя для нападения Гауны, и он обнаруживает, что, возможно, он просто герой, который нужен Сидонии.
В то время как во Франксе человечество живет в плавучей крепости, остатки Рыцарей Сидонии выживают на космическом корабле. Оба сериала посвящены молодым людям, сражающимся с крупным врагом, которого они не совсем понимают. Хотя пилоты в "Рыцарях Сидонии", по-видимому, не все дети, главные герои таковы, поэтому часто им наверняка кажется, что они есть.